В прошлом великий герой Сефирот уничтожил деревню, в которую он пришёл вместе с Заком и Клаудом в поисках своей матери, после чего направился в горы к реактору Мако, где находится его мать — Женова. Беспокоясь о своём отце, туда побежала девушка...

Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах...